インボイス2割特例、2026年9月終了——3割特例への移行と免税事業者が今すべき判断

税務・確定申告

インボイス制度が始まって約3年。多くの小規模フリーランス・個人事業主が「2割特例」を活用して消費税の負担を抑えてきました。

——その特例が、2026年9月30日で終わります。

後継となる「3割特例」は令和8年度税制改正で創設が決まりました。ただし対象は個人事業者に限られ、適用は令和9年・10年分（2027年・2028年分）の確定申告からです。法人はこの特例を使えません。

更新（2026年8月）: 令和8年4月に消費税法等の改正が行われ、3割特例の創設と経過措置の見直しが確定しました。本記事は国税庁「令和8年度税制改正特集」の公表内容にもとづき、大綱段階の「見込み」表記を改めています。

この記事では、2割特例終了の正確なタイミング・3割特例の内容・免税事業者に影響する仕入税額控除の縮小スケジュールを整理し、2026年10月に向けて今すべき判断を解説します。

2割特例とは何か——2026年9月で終了

2割特例の概要

インボイス制度は2023年10月に開始されました。それまで免税事業者だった事業者がインボイス発行のために課税事業者に転換すると、突然消費税の申告・納付義務が生じます。この負担を緩和するための3年間限定の経過措置が「2割特例」です。

通常の消費税計算では売上の消費税から仕入の消費税を差し引いた額を納付します。2割特例では売上税額の2割のみを消費税として納付できるため、実質負担が大きく小さくなっています。

2割特例の主な要件

  • インボイス（適格請求書）発行事業者として登録している
  • 免税事業者からインボイス登録により課税事業者になった（または登録が主な課税事業者転換理由）
  • 基準期間（前々年）の課税売上高が1,000万円以下

終了のタイミング

2割特例が適用されるのは2026年9月30日を含む課税期間の末日までです。

個人事業主（1月〜12月の暦年課税）の場合、2026年1月〜12月の課税期間に2割特例が使えます。2026年分（令和8年分）の確定申告が2割特例を使える最後の機会です。2027年分（令和9年分）からは2割特例が適用されなくなります。

3割特例——個人事業者限定の後継措置（令和9年分・令和10年分）

3割特例の内容

令和8年度税制改正により、2割特例の後継として**「3割特例」の創設が決まりました**。

注意: 以下は2026年8月時点で国税庁「令和8年度税制改正特集」に公表されている内容です。適用要件の細部や申告書の記載方法は、国税庁のインボイス制度特設サイトで最新情報をご確認ください。

3割特例の概要

  • 対象: インボイス発行事業者の登録により免税事業者から課税事業者となった個人事業者のみ（法人は対象外）
  • 条件: 基準期間（前々年）の課税売上高が1,000万円以下であることなど
  • 納税額: 売上税額の3割（売上税額の70%を控除できる方式）
  • 適用期間: 令和9年分・令和10年分の消費税の確定申告（2027年分・2028年分の2年間）
  • 手続き: 事前届出は不要。確定申告書にその旨を付記する

なお、2割特例・3割特例を適用した課税期間の翌課税期間に簡易課税制度を選びたい場合は、その適用を受けようとする課税期間の申告期限までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出すれば適用できる特例があります。通常は課税期間の開始前までに提出が必要なため、この点は特例組にとって大きな緩和です。

2割特例との納税額の比較（売上税込550万円の場合の試算）

  • 売上にかかる消費税額：約50万円
  • 2割特例の納付額：50万円 × 20% = 10万円
  • 3割特例の納付額：50万円 × 30% = 15万円（2割特例より5万円増加）
  • 簡易課税（フリーランス・第5種・みなし仕入率50%）：50万円 × 50% = 25万円

空白期間に注意

2割特例は2026年9月30日を含む課税期間（暦年課税の個人は2026年12月31日）まで。3割特例は令和9年分（2027年1月〜12月）からです。

個人事業主（暦年課税）の場合、空白期間は生じません。2026年分は2割特例、2027年分から3割特例へ切り替わります。

ただし法人の場合は2026年9月30日以降に始まる課税期間から2割特例が使えなくなり、3割特例の対象外のため本則課税または簡易課税に直接移行することになります。

簡易課税との比較

簡易課税は業種別のみなし仕入率で仕入税額控除を計算する制度です。フリーランスが多いサービス業（第5種事業）のみなし仕入率は50%で、売上税額の50%を控除した残り50%を納付する計算になります。

業種別みなし仕入率（主な分類）

事業区分 主な業種 みなし仕入率
第1種 卸売業 90%
第2種 小売業・農林漁業 80%
第3種 製造業・建設業等 70%
第5種 サービス業・フリーランス多数 50%
第6種 不動産業 40%

フリーランス（サービス業・第5種）の場合、3割特例（30%納付）は簡易課税（50%納付）より有利になります。ただし実際の経費率が高い場合は本則課税が有利になることもあるため、自分の業種と経費実態で計算することが重要です。

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免税事業者のままでいる場合——仕入税額控除の段階縮小

縮小スケジュール

インボイス未登録の免税事業者と取引する課税事業者（発注側企業など）は、その取引について仕入税額控除が制限されます。激変緩和のため経過措置として一定割合の控除が認められてきましたが、この割合が2026年10月以降段階的に縮小していきます。

仕入税額控除の経過措置スケジュール（免税事業者との取引）

期間 控除率
2023年10月〜2026年9月 80%
2026年10月〜2028年9月 70%
2028年10月〜2030年9月 50%
2030年10月〜2031年9月 30%
2031年10月以降 0%（経過措置終了）

2026年10月から控除率が80%→70%に変わります。発注側の立場では「免税事業者への支払いに含まれる消費税のうち控除できない割合」が増えるため、実質的な仕入コストが上昇します。

なお令和8年度税制改正では、この経過措置について最終的な適用期限を2年延長したうえで、引下げのペースと幅を緩和する見直しが行われました（令和8年10月から70%、令和10年10月から50%、令和12年10月から令和13年9月末までは30%）。また、一の課税期間におけるインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額が1億円を超える場合、その超える部分については経過措置を適用できないという上限も設けられています。上限に該当するのは規模の大きな発注側事業者ですが、取引先の対応方針に影響する可能性があります。

免税事業者のままでいるリスクの考え方

免税事業者として残ることのリスクは、取引先の属性によって大きく異なります。

リスクが高い状況

  • 消費税の申告課税事業者（中小企業・大企業）を主な取引先に持つ
  • 1社依存度が高く、取引先の判断で契約条件が変わりやすい
  • 同等の代替者が市場に多い業種

リスクが低い状況

  • 個人消費者（BtoC）を主な取引相手にしている
  • 自分の専門性・希少性が高く、取引先が乗り換えにくい
  • 取引先自身が免税事業者であり、仕入税額控除を必要としていない

BtoB（企業間取引）のフリーランスは、取引先が消費税の控除を重視するかどうかを早めに確認しておくことが安全です。

2026年10月に向けて今すべき3つの確認

確認1：2割特例適用中の事業者は2026年10月以降の課税方式を選ぶ

2割特例が終了した後の課税方式は、本則課税か簡易課税のどちらかを選ぶことになります。

3割特例が個人事業者に適用されるのは令和9年分（2027年分）からです。2026年10月〜12月に決算を迎える法人や、暦年以外の課税期間を持つ事業者は、3割特例の対象外または適用時期が異なる可能性があるため注意が必要です。

簡易課税を選ぶ場合の重要な期限: 「消費税簡易課税制度選択届出書」は、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに所轄税務署へ提出します。個人事業主（暦年課税）が2027年分から簡易課税を適用したい場合は、2026年12月31日までが原則の期限です。個人事業主の課税期間は暦年（1月〜12月）なので、「年の途中の10月から簡易課税に切り替える」という選択肢はありません。9月30日という期限が関係するのは、2026年10月1日から課税期間が始まる法人など、暦年以外の課税期間を持つ事業者です。
なお、2割特例・3割特例を適用した事業者には前掲の特例があり、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに提出すれば翌課税期間から簡易課税を適用できます。詳しくは「簡易課税とみなし仕入率」を参照してください。

確認2：免税事業者のままでいるか、インボイス登録するかを判断する

免税事業者のままでいるメリットは「消費税の申告・納付義務がない」こと。デメリットは「取引先の控除率が段階縮小し、取引条件が不利になるリスクがある」ことです。

登録判断チェックリスト

  • 取引先は消費税の課税事業者か（→課税事業者であれば控除縮小の影響を受ける）
  • 取引先から「インボイス登録してほしい」という要請を受けているか
  • 年間売上から消費税の納付額を試算し、登録コストと見合うか
  • 3割特例の対象条件（個人事業主・前々年課税売上1,000万円以下）を満たしているか

確認3：3割特例の詳細は国税庁の公式発表で確認する

3割特例の創設は令和8年度税制改正で確定していますが、確定申告書への付記方法や適用要件の細部は、国税庁の「令和8年度税制改正特集」およびインボイス制度特設サイトで最新の案内を確認してください。実際に適用するのは2028年（令和9年分の申告）からで、それまでにQ&Aが追加される可能性があります。

副業収入がある場合の確定申告の基本については「副業の確定申告、いくらから必要？20万円ルールの落とし穴と住民税の盲点」も参考にしてください。

まとめ：2026年10月前に押さえる3つのポイント

  1. 2割特例は2026年9月30日を含む課税期間（個人は2026年分申告）で終了: 個人事業主は2026年分確定申告が最後。3割特例の適用は令和9年分（2027年分）から。法人は3割特例の対象外

  2. 3割特例は個人事業者限定・2年間（令和9年分・令和10年分）: 売上税額の30%を納付。事前届出は不要で確定申告書に付記する方式。翌課税期間から簡易課税を選ぶ場合は申告期限までの届出でよい特例もある

  3. 免税事業者との取引の仕入税額控除が2026年10月から80%→70%に縮小: その後も50%→30%と段階的に下がり、2031年10月に経過措置が終了（0%）。BtoB取引のフリーランスは取引先の反応を早めに確認する

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参考リンク

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